San Juan presenta los mismos datos con pequeñas variantes. María Magdalena está junto a la Virgen María al pie de la cruz (Jn 19,25). Después del sábado, cuando todavía era de noche se acerca al sepulcro, ve la losa quitada y avisa a Pedro, pensando que alguien había robado el cuerpo de Jesús (Jn 20,1-2). De vuelta al sepulcro se queda llorando y se encuentra con Jesús resucitado, quien le encarga anunciar a los discípulos su vuelta al Padre (Jn 20,11-18). Esa es su gloria. Por eso, la tradición de la Iglesia la ha llamado en Oriente “isapóstolos” (igual que un apóstol) y en Occidente “apostola apostolorum” (apóstol de apóstoles). En Oriente hay una tradición que dice que fue enterrada en Éfeso y que sus reliquias fueron llevadas a Constantinopla en el siglo IX.

María Magdalena ha sido identificada a menudo con otras mujeres que aparecen en los evangelios. A partir de los siglos VI y VII, en la Iglesia Latina se tendió a identificar a María Magdalena con la mujer pecadora que, en Galilea, en casa de Simón el fariseo, ungió los pies de Jesús con sus lágrimas (Lc 7,36-50). Por otra parte, algunos Padres y escritores eclesiásticos, armonizando los evangelios, habían identificado ya a esta mujer pecadora con María, la hermana de Lázaro, que, en Betania, unge con un perfume la cabeza de Jesús (Jn 12,1-11; Mateo y Marcos, en el pasaje paralelo no dan el nombre de María, sino que dicen que fue una mujer y que la unción ocurrió en casa de Simón el leproso: Mt 26,6-13 y par.). Como consecuencia, debido en buena parte a San Gregorio Magno, en Occidente se extendió la idea de que las tres mujeres eran la misma persona. Sin embargo, los datos evangélicos no sugieren que haya que identificar a María Magdalena con María, la que le unge a Jesús en Betania, pues parece que ésta es la hermana de Lázaro (Jn 12,2-3). Tampoco permiten deducir que sea la misma que la pecadora que según Lc 7,36-49 ungió a Jesús, aunque la identificación es comprensible por el hecho de que San Lucas, inmediatamente después del relato en que Jesús perdona a esta mujer, señala que le asistían algunas mujeres, entre ellas María Magdalena, de la que había expulsado siete demonios (Lc 8,2). Además, Jesús alaba el amor de la mujer pecadora: “Le son perdonados sus muchos pecados, porque ha amado mucho” (Lc 7,47) y también se descubre un gran amor en el encuentro de María con Jesús después de la resurrección (Jn 20,14-18). En todo caso, aun cuando se tratara de la misma mujer, su pasado pecador no es un desdoro. Pedro fue infiel a Jesús y Pablo un perseguidor de los cristianos. Su grandeza no está en su impecabilidad sino en su amor.